环氧乙烷灭菌器的灭菌程序需包括预热、预湿、抽真空、通入气化环氧乙烷达到预定浓度、维持灭菌时间、去除灭菌柜内环氧乙烷气体、解析以去除灭菌物品内环氧乙烷的残留。

　　环氧乙烷灭菌时可采用纯环氧乙烷或环氧乙烷和二氧化碳混合气体。禁止使用氟利昂。解析可以在环氧乙烷灭菌器内继续进行，也可以放入专门的通风柜内，不应采用自然通风法。反复输入的空气应经过过滤，可滤除≥0.3um粒子99.6%以上。

　　环氧乙烷残留主要是指环氧乙烷灭菌后留在物品和包装材料内的环氧乙烷和它的两个副产品氯乙醇乙烷和乙二醇乙烷；接触过量环氧乙烷残留可引起病人灼伤和刺激。环氧乙烷残留的多少与灭菌物品材料、灭菌的参数、包装材料和包装大小、装载量、解析参数等有关。聚氯乙烯导管在60℃时，解析8h；50℃时，解析12h。有些材料可缩短解析时间，如金属和玻璃可立即使用，有些材料需延长解析时间如内置起搏器。

　　医院环氧乙烷排放必须有专门的排气管道系统，排气管材料必须为环氧乙烷不能通透如铜管等，距排气口7.6m范围内不得有任何易燃物和建筑物的入风口，如门或窗；若排气管的垂直部分长度超过3m时必须加装集水器，勿使排气管有凹陷或回圈造成水气聚积或冬季时结冰，阻塞管道；排气管应导至室外，并于出气口处反转向下，以防止水气留在管壁或造成管壁阻塞；如环氧乙烷向水中排放，整个排放系统(管道，水槽等)必须密封，否则大量带热的环氧乙烷会由水中溢出，污染周围的工作环境。